从发生机理来看，血栓主要有两种，一是脂质栓子，二是血液凝固。大多数的抗血栓药物只是对其中的某一因素产生作用，而亚麻酸软胶囊的抗血栓作用则是完全的、全面的。
　　在超高倍的电子显微镜下，通过对末梢血的观察，可以明显看到胆固醇的结晶和乳糜颗粒，有的患者还出现大块的斑块，这些胆固醇结晶和脂质斑块黏附在血管内壁，即可形成脂质血栓，高脂血症是形成脂质血栓的主要原因。游离的胆固醇和甘油三酯不能溶解在血液中，其在血液中以结晶或颗粒形式存在，在血管内壁出现损伤的情况下，这些脂质物质即可黏附在血管内壁，经过长期的积累，形成大的斑块，并引起动脉粥样硬性化。
　　亚麻酸软胶囊的调节血脂功能可以降低胆固醇、甘油三酯、ldl、vldl、升高hdl，发挥抗血栓的作用。服用1.2g/d的亚麻酸软胶囊120天，显微镜下胆固醇结晶密度可以非常明显地减少，大块的脂质斑块可以消失。血小板聚集是血液凝固过程中最重要的环节，血栓素txa2可以引起血小板的聚集，而pgi2则起拮抗作用，花生四烯酸aa在环加氧酶的作用下生成pgi2，同时也生成txa2，epa与aa竞争环加氧酶生成pgi3和txa3，减少了pgi2和txa2的生成，pgi3和pgi2有相当的拮抗txa2的活性，但txa3并无血小板聚集的活性，故epa可以抑制txa2的活性从而防止血栓的发生，预防心肌梗塞和脑梗塞。同时ω—3pufa能够稳定心肌膜电位、降低室性心律不齐和敏感性，可以防止心律失常的发生，尤其是可以防止由缺血引起致死性心率失常。
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